微波杀菌是利用了电磁场的热效应和生物效应共同作用的结果.物料中的虫卵和细胞也会因分子极化驰豫,同时吸收微波升温,微波对细胞的热效应使蛋白质变性而死亡;微波对细胞的生物效应是微波电场改变细胞膜断面的电位分布,影响细胞膜周围电子和离子浓度,从而改变细胞膜的通透性能,细胞因此营养不良,不能正常新陈代谢,细胞结构功能紊乱,生长发育受到抑制而死亡。此外,决定细胞正常生长和稳定遗传繁殖的核酸(RNA)和脱氧核糖核酸(DNA)是由若干氢键紧密连接而成的卷曲型大分子,足够强的微波可以导致氢键松弛、断裂和重组,从而诱发遗传基因突变或染色体畸形。微波的生物效应在杀菌中起到了常规物理杀菌所没有的特殊作用。